子嚢菌門（しのうきんもん）は、菌界に属する分類群の一つであり、担子菌門と並ぶ高等菌類である。減数分裂によって生じる胞子を袋（子のう）の中に作るのを特徴とする。
子嚢菌門は菌界の中の分類群で、微小な子嚢（しのう）を形成しその中に減数分裂によって胞子を作るのを特徴とする。担子菌門 とともに真菌類中の大きな部分（70パーセント程度）を占める。例として、酵母（出芽酵母、分裂酵母）、カビ（アオカビ、コウジカビ、アカパンカビ）や、一部のキノコ（アミガサタケ、トリュフ）がある。
下等なものは酵母のような単細胞生物から、酵母に近い糸状菌、高度のものは複雑な構造の子実体を作るものまで、多種多様である。かなり大柄なキノコを作る例もあるが、大部分のものは、ごく小型の子実体を形成する、目立たないものである。それらは往々に微小菌類と言われる。
藻類との共生体を形成して地衣類となる菌類も大部分がここに含まれる。
有性生殖が見つかっていない、いわゆる不完全菌類も大部分がここに含まれると考えられる。むしろ、不完全菌の姿の方がなじみのあるメンバーも多い。またうどんこ病菌やタフリナ（天狗巣病菌）をはじめ多数の植物病原菌を含む。ヒトの病気の原因になるものとして、白癬菌（水虫）、膣炎や皮膚炎の原因となるカンジダ、アスペルギルス症を起こすコウジカビ属菌などがある。カリニ肺炎の病原体Pneumocystis carinii は従来カリニ原虫と呼ばれてきたが、現在では子嚢菌に近いことが明らかになっている。
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生活環 [編集]
子嚢菌は無性世代（不完全世代＝アナモルフ）と有性世代（完全世代＝テレオモルフ）を持つものが多い。
不完全世代は半数体で、生殖器官として造嚢器と造精器を形成し、これらが接合して二倍体の完全世代となり、子嚢を作る。ただし二倍体の菌糸はほとんどのものでは子実体にのみ限定される。子嚢菌は完全世代を基準として分類されている。
不完全世代でも無性胞子（分生子）を作って繁殖するものが多く（特に不完全菌類はこれだけで繁殖する）、また植物病原菌などで多種類の無性胞子を作って複雑な生活環を営むものもある。
遺伝学の研究には完全（有性）世代が必要である。古くから遺伝学に用いられてきたアカパンカビ Neurospora crassa は最初から完全世代が知られている。コウジカビ属Aspergillus は不完全菌類であるが、完全世代の知られるEmericella nidulans（＝Aspergillus nidulans）が遺伝学の研究に用いられる。
なお、担子菌では接合後に菌糸が発達して菌糸体を新たに形成し、これを二次菌糸と言うが、子嚢菌類では古生子嚢菌をのぞいては二次菌糸は子実体にのみ見られる。